Extensión del algoritmo para análisis filogenético UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic Averages) aplicado a bases de datos

Abstract

La aparición del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) ha significado un gran reto para la comunidad científica debido a su capacidad de mutar, lo que conlleva a la aparición de múltiples subtipos del mismo, los cuales varían dependiendo de la región donde estos se desarrollen. Por lo cual es de vital importancia llevar a cabo la clasificación de cada uno de ellos. Una manera de hacerlo es implementando algoritmos de análisis filogenético para la determinación de patrones que permitan una clasificación de muestras de virus obtenidas en distintas regiones. El presente proyecto pretende el diseño y la implementación de una interfaz de software que permita el análisis filogenético de un gran número de secuencias genéticas que se encuentran almacenadas en una bases de datos, implementando para ello el algoritmo para análisis filogenético UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages). Como resultado de este proyecto de grado, se generará una interfaz de software que no solo permite llevar a cabo el análisis filogenético de un gran número de secuencias genéticas, las cuales se encuentran almacenadas en una base datos, utilizando para ello el método para análisis filogenético UPGMA, sino que además se incluye una función extra que permite a los investigadores obtener una predicción de asociación a partir de una secuencia de ADN entrante, utilizando para ello un método conocido como GraphDatabases.